Użycie
Pierwsze T-43 trafiły do jednostek wprzódy w czerwcu 1959, przed zakończeniem prób, zaczynając od chwili pułku stacjonującego w okolicach zakładu nr 153, na rzecz łatwiejszego zabezpieczenia ich eksploatacji i wnoszenia ulepszeń. do kresu 1959 z okładem 150 samolotów ze 163 wyprodukowanych trafiło do jednostek. W lipcu 1961 Su-9 zaprezentowano na paradzie lotniczej w Tuszynie. W połowie lat 60. stanowiły uzbrojenie ok. 30 pułków wojsk obrony powietrznej, m.in. o numerach 28, 61, 90, 136, 179, 191, 201, 350, 393, 415, 790, 894.
Su-9 proszek dobre charakterystyki lotne, rozpędzał się szybko, lecz proszek kolumna właściwości odmiennych od chwili innych samolotów, zwłaszcza poniekąd trudnym elementem było lądowanie. wejście Su-9 do służby wiązało się ze znacznym przeskokiem technicznym jednostek latających póty tak bywa na poddźwiękowych myśliwcach MiG-17, i również z koniecznością opanowania z większym natężeniem zaawansowanej technologii przez zakładanie się je produkujące. W połączeniu z niedopracowaniem części systemów samolotu, tak bywa zespołu napędowego, spowodowało owo nadmierną liczbę wypadków, zwłaszcza w latach 1961-1963 (ponad 20) i oryginalnie nieduży wielkość gotowości samolotów. przy mat lat 60. zdołano uszczuplić zawodność samolotów do przeciętnego poziomu.
Promień działania bojowego Su-9 wynosił oryginalnie 320-450 km, lecz potem po zwiększeniu zapasu paliwa wzrósł do 430-600 km. płatowiec mógł stanowić naprowadzany z ziemi podług komend systemu Wozduch-1, dzięki radiolinii Łazur (ARŁ-S). całokształt uzbrojenia atoli prędko przestał stanowić nowomodny z uwagi na słabe parametry stacji radiolokacyjnej i naprowadzanych półaktywnie w wiązce prowadzącej pocisków RS-2US – mogły one przeciwstawiać się cele wyłącznie z tylnej półsfery i miały mały zasięg, i ich naprowadzanie wymagało utrzymania celu na kursie samolotu do trafienia pocisku. Pociski te nadawały się szczególnie do zwalczania bombowców na średnich i dużych wysokościach, natomiast nie nadawały się do walki manewrowej. Przewidziano również zwalczanie przez nie szybkich pocisków skrzydlatych (w tym celu opracowano taktykę wystrzeliwania rakiet, kiedy pocisk wyprzedził samolot). wyłącznie poniekąd nowocześniejsze były pociski R-55 naprowadzane termicznie biernie (pochodne RS-2US z nową głowicą).
Pierwsze użycie bojowe Su-9 miało miejsce 9 kwietnia 1960, w toku próby przechwycenia samolotu U-2, lecz wskutek błędów przy naprowadzaniu i nie wypracowania nadal techniki przechwytywania celów o wiele lecących (wymagającej odpowiedniego profilu lotu na rzecz nabrania wysokości), para Su-9 przeszła znacznie przy celem. w toku lotu U-2 Francisa Powersa 1 maja 1960, w jego rejonie znajdował się zaledwie jeden nieuzbrojony Su-9 transportowany z fabryki, kto podjął tymczasem próbę przechwycenia, lecz niepotrzebnie (Powers został z kolei zestrzelony rakietą przeciwlotniczą). z samolotem Su-9 są związane takie ciekawostki, jak lądowanie "na brzuchu" na śniegu niezupełnie nieuszkodzonego samolotu, po katapultowaniu się z niego pilota 25 stycznia 1965.
W latach 60. Su-9 był najszybszym myśliwcem radzieckim, do pojawienia się MiG-25. W latach 1959-62 na zmodyfikowanym T-43-1 (oznaczonym na rzecz celów rekordowych T-431) ustanowiono dwa rekordy światowe wysokości (w tym wysokości absolutnej 28 852 m) i najlepszy wynik prędkości, i w 1960 na seryjnym T-43 (oznaczonym T-405) najlepszy wynik prędkości.
W 1964 w trzech pułkach (393, 790, 191) Su-9 zastąpiono przez Su-11. przy mat lat 60. w trzech dalszych pułkach Su-9 zastąpiono przez Tu-128, na większą skalę zaczęto je zastępować nowszymi samolotami MiG-25P i Su-15 z początku lat 70. od chwili drugiej połowy lat 70. Su-9 były masowo wycofywane z jednostek i zastępowane przez przechwytujące wersje MiG-23, rzecz sądowa ów zakończono w 1981. potem samoloty Su-9 zostały skasowane.